Em particular, o programa tem se debruçado sobre trabalhos ligados ao monitoramento de pressões e ameaças aos territórios indígenas e de comunidades tradicionais. Começou em Mato Grosso, com enfoque na bacia do rio Juruena, e hoje expande essa iniciativa também no Amazonas. Entre as principais ameaças estão empreendimentos hidrelétricos, mineração, garimpo e desmatamento. O programa realiza ações em parceria com as organizações indígenas em outros temas, como apoio aos territórios em que há referências de povos isolados e a regularização fundiária. A valorização do patrimônio cultural indígena é outra frente importante, assim como o eixo de formação na área do direito à consulta livre, prévia e informada, clima, e apoio à comunicação popular.