Em Mato Grosso a OPAN atua na bacia do rio Juruena com os povos Apiaká, Rikbaktsa e Paresi. Em outra região, no leste do estado, a instituição trabalha na região de interflúvio entre os rios Xingu e Araguaia com os Xavante de Marãiwatsédé. No Médio rio Araguaia, atua também com os Tapirapé, Kanela do Araguaia, Maxacali e Krenak. Nos últimos anos, na bacia do Paraguai, passou a desenvolver atividades com o povo Chiquitano, em apoio à regularização fundiária e à segurança alimentar.
No eixo de apoio à gestão territorial, são desenvolvidos pelo Programa Mato Grosso ações para fortalecimento do turismo de base comunitária, coleta e comercialização da castanha, plantio de roças e quintais, coleta de sementes, manejo integrado do fogo, além de monitoramento e proteção territorial. O Programa tem um trabalho consolidado, ainda, no fortalecimento das organizações, tanto locais, quanto as de abrangência estadual.
As ações são realizadas por meio de parcerias com os povos e organizações indígenas, assim como junto a fóruns e redes, em especial a Rede Juruena Vivo e a Articulação Xingu-Araguaia.